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日本的高等教育是以初等教育（小学6年）及中等教育（初中3年，高中3年）的12年教育为基础的。日本的高等教育机构大致分为高等专门学校、专修学校、短期大学及大学（包括学部和大学院）四类。
1．大学：
　　日本的大学通常设有大学本科课程（学部），也有设立研究生（大学院）的。
A.　本科
　　修业年限为4年。（医学系、牙科系、兽医系为6年），毕业可获得学士学位。
B．研究生院
　　设有硕士课程（2年）和博士课程（5年）。博士课程分为前期课程（2年，相当于上面所说的硕士课程）和后期课程。毕业后可分别获得硕士学位和博士学位。
2．短期大学：修业年限为2年（或3年）
3．专修学校：专修学校有3种课程。以中学生为对象的高等课程（暂只限于日本国内），以高中毕业生为对象的专门课程，和不问入学资格的一般课程。修学年限1到4年，以2年为主。在文部省指定的专修学校里，修满2年以上的专门课程者，可以拿到"专门士"（相当于国内专科）的资格。
　　上面所说的高等教育机关以运营种类的不同，分国立、公立、私立之别。
　　国立：国家设置的学校。在各都、道、府、县至少设置一所大学。
　　公立：由县和市等自治体设置的学校。
　　私立：以民间为基本设置的学校。
　　差不多所有的地方都设有国、公立大学，有不少的私立大学也保持着独有的传统和特色。
日本的文部省相当于我国的教育部，是国家教育机构最高行政机关，管辖着日本的学校教育。